Les humains sont colonisés par plus de 100 000 milliards de bactéries qui résident principalement au niveau de la peau ou des surfaces muqueuses telles que l’appareil digestif ou génital. La bactérie la plus connue au niveau de l’intestin s’appelle Escherichia coli. La présence de ces bactéries est un exemple de vie en symbiose entre les microorganismes et l’homme. La flore intestinale par exemple favorise le transit, élimine des molécules que le corps ne peut pas absorber, et est une importante source de synthèse de molécules indispensables telles que la vitamine K qui joue un rôle essentiel dans la coagulation sanguine.

En échange le corps humain fournit à ces bactéries des éléments indispensables à leur survie. Enfin, la flore intestinale offre un moyen de protection à l’homme contre les infections grâce à son rôle de barrière physique, protégeant contre l’invasion d’autres bactéries, mais aussi en favorisant la réponse immunitaire contre une nouvelle infection. Ainsi, toute modification de l'un ou de l'autre de ses constituants est susceptible de perturber l'équilibre et le fonctionnement de l'ensemble.

Plusieurs études se sont intéressées à étudier la flore intestinale et son implication dans la régulation de l’immunité de l’hôte montrant qu’il pouvait exister des interrelations indispensables à la bonne capacité de réponse du système immunitaire lors d’une infection. D’ailleurs, il a été observé que de manière contradictoire, la prise à long terme d’antibiotiques (utilisées pour lutter contre une infection bactérienne) pouvait engendrer des infections bactériennes secondaires sévères.

L’étude menée par Jeffrey Weiser, professeur de microbiologie et de pédiatrie à l’Ecole de Médecine de l’Université de Pennsylvanie, et publiée dans la revue Nature Medecine montre comment les bactéries qui nous colonisent ont la propriété de maintenir notre système immunitaire prêt à se déclencher contre une nouvelle infection.